2005 年吞吐量為 1,704,024TEU, 比上年增長 2.2%，世界排名第五十五位。
　　圣胡安港起著連接波多黎各海島和美國內(nèi)地的橋頭堡作用，該港吞吐量已占到美國國內(nèi)貿(mào)易吞吐總量的最大份額。
　　圣胡安港最大的運營商是克羅雷班輪服務(wù)公司，占整個港口吞吐量的三分之一；其次是 Horizon 班輪公司，其吞吐量略少于總吞吐量的三分之一；剩下的由 See Star 班輪公司和 Trailer Bridge 班輪公司運營。
　　以上 4 大航運公司都在瓊斯條款的協(xié)約下進行運營，該條款規(guī)定，從圣胡安港到美國各地港口之間的船運業(yè)務(wù)只能由美國籍公司從事。
　　美國政府原計劃利用該港在加勒比海極具競爭力的市場地位，在波多黎各海島上再建一個重要港口，該計劃由于加勒比海其它更有影響力的項目而耽擱了。
　　圣胡安港的當?shù)卣谥铝τ诎言摳劢ǔ伞懊绹母劭凇保瑫r，預計年吞吐量也將升至 200 萬TEU。