由俄羅斯國家集裝箱公司（NCC）經(jīng)營的第一集裝箱碼頭（FCT），是圣彼得堡港規(guī)模最大的集裝箱碼頭，集裝箱年吞吐能力為 80 萬標(biāo)準箱。預(yù)計到 2007 年，圣彼得堡港的年吞吐量將提高到 135 萬標(biāo)準箱。但是，由于地處圣彼得堡市中心，第一集裝箱碼頭的發(fā)展前景受到很大限制。該碼頭采取了一系列提高效率和降低碼頭擁堵的措施，其中包括用班輪合同管理代替了貨運代理承包，提高港口使費，實施更加嚴格的集裝箱碼頭免費堆存條款。盡管這些規(guī)定的出臺，減少了一部分集裝箱吞吐量，但碼頭生產(chǎn)力和效率卻獲得明顯改善。
　　圣彼得堡港的另外一座集裝箱碼頭是彼得羅斯碼頭，該碼頭鐵路運輸線路設(shè)施齊全，很少發(fā)生擁堵，航道一直在疏浚，便于船舶安全進出港，再加上管理比較靈活，服務(wù)質(zhì)量較高，頗受客戶歡迎。 2003 年 11 月，彼得羅斯集裝箱碼頭經(jīng)營公司與比利時安特衛(wèi)普 COSMOS 公司簽訂合同，引進了集裝箱碼頭電腦管理系統(tǒng)，在 2004 年 6 月份正式投入運行后，大幅度提高了彼得羅斯集裝箱碼頭的經(jīng)營管理效率。在德國漢堡 HHLA 公司的積極配合和資助下，從 2003 年起，進一步擴建彼得羅斯集裝箱碼頭，集裝箱年吞吐能力提高到了 50 萬標(biāo)準箱，航道疏浚到水深 12 米 ，凡是能夠進入波羅的海航道的集裝箱船舶，今后都能進靠彼得羅斯集裝箱碼頭。彼得羅斯集裝箱碼頭和集裝箱堆場全部配備了視頻監(jiān)視系統(tǒng)，以提高碼頭和堆場的保安功能。彼得羅斯集裝箱碼頭的最大優(yōu)勢，是擁有可以開發(fā)利用的 100 公頃土地，這是圣彼得堡港其它集裝箱碼頭公司所缺少的。