2005年的吞吐量為908,000TEU，比上年下跌0.9%，世界排名第八十五位。
　　因勞資糾紛和反對港口私有化，引發(fā)了馬賽港在2005年內(nèi)持續(xù)兩周的碼頭工人大罷工，致使該港2005年的吞吐量下滑。
　　2005年10月，法國政府委派協(xié)調(diào)力強的蓋·賈寧接替埃里克·布雷桑特為馬賽港務集團局長。在新局長的調(diào)解下，馬賽港效仿勒.哈佛爾港的做法，工會和港口局雙方作出讓步，并簽訂了一份合約，有利該港的長遠發(fā)展。
　　2005年，馬賽港雖然因受罷工影響而減少了吞吐量，但是，該港的擴建工程進度并未放緩。該港2005年投資了7240萬歐元（約合9100萬美元），用于新建兩個集裝箱碼頭。2006年，該港又投資了9000萬歐元以完善基礎設施建設。
　　新建的FosZXL是馬賽港主要的集裝箱碼頭，由Synergie碼頭集團負責運營，該集團由CMA、CGM和迪拜環(huán)球港口集團合資組建。